La fusión de dos directorios gestionada por rsync

Ive consiguió los siguientes dos directorios.

/ home / usuario / www
/ home / usuario / www / sub

Tontamente comenzó el mantenimiento de ambos por separado con rsync, el proceso de trabajo con el directorio de nivel superior excluye específicamente el subdirectorio al sincronizar. Existe un segundo proceso que mantiene el subdirectorio.

En el sistema de archivos de copia de seguridad, tanto de sus carpetas se encuentran en el mismo directorio.
Me gustaría pasar sub en el directorio de nivel superior en el servidor de copia de seguridad para que la actualización rsync siguiente no tenga que volver a bajar todo lo que una vez que me quite la exclusión de la lista de exclusión de los directorios superiores de nivel.

¿Qué necesito para tener en cuenta?
Im adivinar, que si sólo mover el directorio de las marcas de tiempo se modificarán y se acaba de descargar todo lo que de todos modos?