Help commande batch

Salut les gars,

Je voudrais lancer fastq-dump (logiciel du NIH qui change le format des données de séquençage de l'ADN) et de le répéter (lorsque le dernier processus est terminé) jusqu'à ce que tous les fichiers .sra dans un répertoire sont reformatés pour fastq.

J'ai téléchargé une étude et les fichiers de la sra sont organiser une série de dossiers : SRP*\SRS*\SRX*\SRR*\SRA*.sra

Je peux facilement mettre tous les fichiers de sra dans un dossier (si nécessaire), mais je ne peux pas fastq-dump n'importe quoi plus d'un-à-temps conversion.

Par exemple, actuellement j'utilise en ligne de commande windows pour le fichier SRRXXXXX1.sra dans le même dossier que le $ $ etAPP fastq-dump :

FastQ-dump--fichiers divisés--gzip SRRXXXXX1.sra

Je reçois SRRXXXX1.fastq.gzip, mais SRRXXXXX2.sra est laissé seul.

S'il vous plaît m'aider avec le traitement par lots la conversion !

Je souhaite que je pourrais courir : split-fichiers gzip--*.sra--fastq benne

ou benne fastq--fichiers divisés--gzip SRP*\SRS*\SRX*\SRR*\SRA*.sra

mais il ne semble pas fastq benne prend en charge *.sra

Je suis inepte au traitement par lots de fichiers. J'ai juste besoin de code simple pour lancer fastq-dump--fichiers divisés--gzip SRXXXXX1.sra

et répéter pour le prochain fichier .sra lorsque le dernier fichier est terminé (ne peut pas faire en même temps, ses 200 G de données).

Pour info, c'est pour windows 7 64 bits et je n'ai aucune formation en programmation.

Merci!!!

Je ne peux pas poster un vrai lien à la description du logiciel. Si vous avez besoin de plus d'informations, il suffit de changer le X à un v et ce lien fonctionnera :http://www.ncbi.nlm.nih.goX/Traces/sra/ ... fastq-dump

Si vous pouvez l'obtenir sur linux en utilisant bash serait quelque chose comme ceci

Tous les titres équivalant à bash sur windows ? Je ne suis pas le programme d'installation pour lancer linux ou bash. Vous ne savez pas où commencer même avec ça.

Créez un fichier appelé « fastq-dump-all.cmd » (ou ce que vous voulez,) aussi longtemps que l'extension .cmd n'est par le texte suivant :



Remplacez le répertoire contenant les fichiers « C:\dir\with\files ». Remplacez « C:\path\to\fastq-dump » par le chemin d'accès réel à l'exécutable fastq-dump. Vous pouvez le trouver en tapant « où fastq-dump "dans une invite de commandes.

Enregistrez le fichier et exécutez-le à partir de la ligne de commande ou double-cliquez simplement dessus.